Ponad 30 proc. skontrolowanych gmin podejmowało działania mające na celu poprawę jakości wody w kąpieliskach i miejscach wykorzystywanych do kąpieli. Np. w Mielnie wybudowano kanalizację sanitarną, a także udzielano dotacji organizatorom kąpielisk na utrzymanie czystości i porządku na plażach. W Sopocie władze gminy zrealizowały projekt współfinansowany ze środków unijnych, w ramach którego m.in. przeprowadzono modernizację i oczyszczanie zbiorników retencyjnych, a w Siemiatyczach prowadzono zabiegi mające m.in. na celu oczyszczanie i napowietrzanie wody.

Jednocześnie kontrola NIK wykazała nieprawidłowości w zakresie nadzoru nad jakością wody: w niektórych gminach (np. gmina Miłki) w kilku miejscach wykorzystywanych do kąpieli w ogóle nie badano jakości wody, w innych gminach liczba badań jakości wody w kąpieliskach i miejscach wykorzystywanych do kąpieli była mniejsza niż wymagana przepisami. (np. w Węgorzewie) NIK zauważyła, że organizatorzy kąpielisk i miejsc wykorzystywanych do kąpieli ustalali liczbę badań do wykonania z państwowymi powiatowymi inspektorami sanitarnymi, którzy z kolei działali zgodnie z wytycznymi Głównego Inspektora Sanitarnego (GIS), a te były sprzeczne z przepisami. Wytyczne wydane przez GIS w 2012 r. zawierały bowiem wymóg wykonywania czterech zamiast pięciu badań wody w kąpieliskach, co było niezgodne z postanowieniami ustawy - Prawo wodne.

NIK stwierdziła w kilku przypadkach (m.in. na terenie kąpieliska w Kozienicach i w 3 miejscach wykorzystywanych  do kąpieli w Płaskiej), że próbkę wody do badania pobierano w jednym miejscu zamiast w dwóch. Takie postępowanie wynikało z zaleceń GIS, które w ocenie NIK były niezgodne z rozporządzeniem Ministra Zdrowia w sprawie prowadzenia nadzoru nad jakością wody w kąpielisku i miejscu wykorzystywanym do kąpieli. Niepokoi również to, że organizatorzy kąpielisk z opóźnieniami przekazywali powiatowym inspektorom sanitarnym wyniki badań jakości wody (w skrajnych przypadkach po 11 dniach od pobrania próbek wody), którzy z kolei nie wydawali bieżących ocen jakości wody w kąpieliskach lub robili to ze zwłoką. W niektórych przypadkach opóźnienia sięgały 35 dni.

W ocenie NIK zaniedbania te powodują osłabienie nadzoru nad jakością wody w kąpieliskach i miejscach wykorzystywanych do kąpieli. Sprawiają one, że osoby planujące wypoczynek nad wodą nie wiedzą, jakie warunki panują na kąpielisku, co oznacza dla nich ryzyko kąpieli w zanieczyszczonej wodzie. Dlatego NIK wskazała, że Minister Środowiska powinien podjąć działania w celu nowelizacji ustawy - Prawo wodne m.in. w zakresie zobowiązania organizatorów miejsc wykorzystywanych do kąpieli do przekazywania ppis informacji o planowanych terminach wykonywania badań jakości wody w miejscach wykorzystywanych do kąpieli oraz określenia terminu, do którego organy wykonawcze gmin obowiązane są przekazywać ppis informacje o liczbie kąpielisk i przyczynach jej zmian w odniesieniu do poprzedniego sezonu kąpielowego wraz z wykazem kąpielisk.