Pierwszym problematycznym zagadnieniem może okazać się samo ustalenie, czym właściwie jest szkoda w środowisku. Zgodnie z art. 6 pkt 11 ustawy szkodowej szkoda w środowisku to negatywna, mierzalna zmiana stanu lub funkcji elementów przyrodniczych, oceniana w stosunku do stanu początkowego, która została spowodowana bezpośrednio lub pośrednio przez działalność prowadzoną przez podmiot korzystający ze środowiska:
- a) w gatunkach chronionych lub chronionych siedliskach przyrodniczych, mająca znaczący negatywny wpływ na osiągnięcie lub utrzymanie właściwego stanu ochrony tych gatunków lub siedlisk przyrodniczych, z tym że szkoda w gatunkach chronionych lub chronionych siedliskach przyrodniczych nie obejmuje uprzednio zidentyfikowanego negatywnego wpływu, wynikającego z działania podmiotu korzystającego ze środowiska zgodnie z art. 34 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r.
- o ochronie przyrody lub zgodnie z decyzją o środowiskowych uwarunkowaniach,
- o której mowa w art. 71 ust. 1 ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko,
- b) w wodach, mająca znaczący negatywny wpływ na stan ekologiczny, chemiczny lub ilościowy wód,
- c) w powierzchni ziemi, przez co rozumie się zanieczyszczenie gleby lub ziemi, w tym w szczególności zanieczyszczenie mogące stanowić zagrożenie dla zdrowia ludzi;
Jak widzimy pojęcie szkody w środowisku opisano w sposób ogólny, unikając jakichkolwiek sztywnych danych, do których można by się odnieść oceniając dane zjawisko pod kątem jego szkodliwości. Ustawodawca celowo nie sprecyzował procentowo czy też ilościowo wielkości siedlisk, powierzchni ziemi czy ilości wód jakie muszą zostać objęte negatywnym działaniem podmiotu korzystającego ze środowiska, aby można było mówić o znaczącym wpływie. Każdy przypadek jest bowiem inny i kwestia oceny pozostawiona została organowi.
Kryteria oceny szkody określa jednak rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 30 kwietnia 2008 r. w sprawie kryteriów oceny wystąpienia szkody w środowisku (Dz.U. Nr 82, poz. 501), pomocniczo można stosować również Załącznik I do dyrektywy 2004/35/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 21 kwietnia 2004 r. w sprawie odpowiedzialności za środowisko w odniesieniu do zapobiegania i zaradzania szkodom wyrządzonym środowisku naturalnemu, zwłaszcza w drugiej części załącznika określone zostały szkody, które nie muszą być klasyfikowane jako znaczące.
Przy okazji ustalania szkody w środowisku niewątpliwie pojawi się również problem, w jaki sposób ustalić stan początkowy. W art. 6 pkt 10 ustawy szkodowej zdefiniowano stan początkowy jako stan i funkcje środowiska oraz poszczególnych elementów przyrodniczych przed wystąpieniem szkody w środowisku oszacowane na podstawie dostępnych informacji. Dyrektywa 2004/35/WE określa warunki początkowe jako takie warunki oszacowane na podstawie wszelkich dostępnych informacji, które by zaistniały gdyby szkody nie wystąpiły.
Nałożenie na podmiot działań naprawczych lub zapobiegawczych musi być zawsze poprzedzone szczegółową analizą w jakim zakresie doszło do negatywnej zmiany i na czym owa zmiana polegała. Każdorazowo powinno zostać przeprowadzone szerokie i miarodajne postępowanie dowodowe. W jego toku można wykorzystać wszystkie możliwe środki dowodowe (np. zdjęcia lotnicze, dostępne mapy, analizy ekspertów, pozycje naukowe, stan wiedzy terenowych służb działających w zakresie ochrony przyrody). W przypadku braku informacji pozwalających na określenie stanu początkowego, należy stwierdzić zaistnienie szkody w przypadku stwierdzenia występowania substancji szkodliwej, innego zanieczyszczenia bądź też innej degradacji, które nie występują naturalnie lub też nie występują w takiej ilości w danym miejscu.
Ponadto, aby pociągnąć podmiot korzystający ze środowiska do odpowiedzialności z tyt. wyrządzenia szkody w środowisku należy wykazać związek przyczynowy pomiędzy powstała szkodą, a rzeczywistym działaniem podmiotu.
Problematyczne może okazać się również wskazanie podmiotu odpowiedzialnego za daną szkodę w środowisku. Wątpliwości te mogą wystąpić zwłaszcza w przypadku odpowiedzialności solidarnej. Jeżeli bowiem bezpośrednie zagrożenie szkodą w środowisku lub szkoda w środowisku zostały spowodowane przez więcej niż jeden podmiot korzystający ze środowiska, odpowiedzialność tych podmiotów za podejmowanie działań zapobiegawczych i naprawczych zgodnie z ustawą jest solidarna. Jeżeli z kolei bezpośrednie zagrożenie szkodą w środowisku lub szkoda w środowisku zostały spowodowane za zgodą lub wiedzą władającego powierzchnią ziemi, jest on obowiązany do podejmowania działań zapobiegawczych i naprawczych solidarnie z podmiotem korzystającym ze środowiska, który je spowodował.
Niezależnie od tego, czy podmiot władający powierzchnią ziemi popierał czy też potępiał działania podmiotu korzystającego ze środowiska może on zatem na mocy przepisów zostać pociągnięty do odpowiedzialności – wystarczy bowiem, że wiedział o nieuprawnionym działaniu.
Jedynym sposobem zwolnienia się od takiej odpowiedzialności jest niezwłoczne powiadomienie o bezpośrednim zagrożeniu lub szkodzie organu ochrony środowiska. Spotykane niejednokrotnie stanowisko organów administracji, iż na jednostki samorządu terytorialnego (np. gminy) nie można nałożyć solidarnego obowiązku podjęcia działań zapobiegawczych i naprawczych, trzeba uznać za stanowisko błędne. Jednostki samorządu terytorialnego mogą ponosić odpowiedzialność na gruncie ustawy szkodowej w ten sam sposób co podmioty prywatne. Nie ma w tym przypadku żadnych argumentów, które mogłyby zwalniać JST z tego obowiązku.
W przypadku niemożności zidentyfikowania podmiotu korzystającego ze środowiska na mocy art. 16 pkt 1 ustawy szkodowej działania zapobiegawcze lub naprawcze podejmuje organ ochrony środowiska. Przepis ten znajdzie jednak zastosowanie, gdy jest wysoce prawdopodobne, że szkoda została spowodowana przez podmiot korzystający ze środowiska (np. rozmiar szkody świadczy o tym, że nie mogła być wynikiem działalności osoby fizycznej), jednak identyfikacja tego podmiotu nie jest możliwa. Gdy szkody dokonała osoba fizyczna ustawa szkodowa nie ma zastosowania, tym samym brak jest podstaw, aby obowiązkami z niej wynikającymi obciążać organy.
Po dokonaniu działań naprawczych mogą z kolei pojawić się wątpliwości, w jaki sposób zweryfikować, czy działania naprawcze zostały przeprowadzone w sposób prawidłowy i wystarczający. Zgodnie z art. 13 ust. 3 oraz 15 ust. 2 ustawy szkodowej decyzja zawierająca uzgodnienie warunków przeprowadzenia działań naprawczych oraz decyzja nakładająca obowiązek przeprowadzenia działań zapobiegawczych i naprawczych powinna określać stan do jakiego ma zostać przywrócone środowisko. Podmiot po przeprowadzeniu tych działań ma obowiązek poinformować organ ochrony środowiska o ich zakończeniu. Podczas zgłoszenia podmiot korzystający ze środowiska powinien wykazać, że działania przez niego podjęte doprowadziły do osiągnięcia stanu środowiska określonego w decyzji, czyli że decyzja została wykonana prawidłowo. Jeżeli organ podda w wątpliwość prawidłowość przeprowadzonych działań naprawczych, może żądać w takim przypadku przeprowadzenia fachowej analizy bądź pomiarów na koszt podmiotu korzystającego ze środowiska. Zgodnie z zasadą, że to podmiot korzystający ze środowiska ponosi wszelkie koszty przeprowadzenia działań naprawczych i zapobiegawczych.